Το «Σύστημα Διαχείρισης Ποιότητας» σχεδίασε και ενέταξε στον Κανονισμό Εσωτερικής Λειτουργίας της (ΚΕΛ) η ΑΕΓΕΚ, στο πλαίσιο των προσπαθειών συνεχούς βελτίωσης της οργάνωσής της και θέσης της στο διεθνή ανταγωνισμό. Το εν λόγω σύστημα αναπτύχθηκε σύμφωνα με τις απαιτήσεις και τις προδιαγραφές του διεθνούς Προτύπου EN ISO 9001:2000.
Ως αποτέλεσμα των προσπαθειών της, όπως επισημαίνεται σε ανακοίνωση της ΑΕΓΕΚ, το Σύστημα Διαχείρισης Ποιότητας της εταιρείας πιστοποιήθηκε από τον αναγνωρισμένο Φορέα Πιστοποίησης TUV ΕΛΛΑΣ (RWTUV) AE. Το Πιστοποιητικό Ποιότητας TUV CERT εκδόθηκε στις 25/07/2005 και φέρει Αριθμό Μητρώου 0410020053003.
