Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή αποφάσισε, βάσει του άρθρου 228 της συνθήκης ΕΚ, να κινήσει νέα διαδικασία παράβασης κατά της Ελλάδας.
Όπως επισημαίνει η Κομισιόν σε ανακοίνωσή της, παρά την απόφαση του Δικαστηρίου των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων του 2007, η Ελλάδα δεν κοινοποίησε οποιεσδήποτε αλλαγές της νομοθεσίας της όσον αφορά την επιβολή φόρου εισφοράς σε περίπτωση μεταφοράς της καταστατικής έδρας ή της έδρας της πραγματικής διευθύνσεως μιας εταιρείας καθώς και για τη γενική απαλλαγή από τον φόρο αυτό των ναυτιλιακών εταιρειών.
Εάν η Ελλάδα δεν συμμορφωθεί με την επίσημη προειδοποιητική επιστολή, η Επιτροπή μπορεί να απευθύνει στην Ελλάδα αιτιολογημένη γνώμη πριν παραπέμψει το θέμα στο Δικαστήριο των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων για δεύτερη φορά, ζητώντας την επιβολή προστίμων.
Η Ελλάδα εφαρμόζει φόρο εισφοράς όταν μια εταιρεία μεταφέρει την καταστατική της έδρα ή την έδρα της πραγματικής διευθύνσεώς της στην Ελλάδα. Ωστόσο, προβλέπει γενική απαλλαγή από το φόρο εισφοράς για τις ναυτιλιακές εταιρείες. Η Επιτροπή θεωρεί ότι οι κανόνες αυτοί είναι αντίθετοι με τις διατάξεις της οδηγίας σχετικά με τους εμμέσους φόρους που επιβάλλονται επί των συγκεντρώσεων κεφαλαίων (οδηγία 69/335/ΕΟΚ), η οποία επιτρέπει στα κράτη μέλη να εισπράττουν φόρο εισφοράς μόνο για τη σύσταση εταιρειών, και όχι για τη μεταφορά τους, και δεν επιτρέπει την απαλλαγή εταιρειών που ασκούν δραστηριότητες σε συγκεκριμένους οικονομικούς τομείς, όπως οι ναυτιλιακές εταιρείες, από το φόρο εισφοράς.
Το 2005, η Επιτροπή παρέπεμψε την υπόθεση στο Δικαστήριο των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων (βλ. IP/05/349). Το Δικαστήριο, στην απόφασή του Επιτροπή κατά Ελλάδος (C-178/05 της 7ης Ιουνίου 2007), αποφάνθηκε ότι «με τη νομοθεσία της σχετικά με την είσπραξη φόρου εισφοράς σε περίπτωση μεταφοράς της καταστατικής έδρας ή της έδρας της πραγματικής διευθύνσεως μιας εταιρείας καθώς και με την απαλλαγή από τον φόρο αυτό της συμπλοιοκτησίας, των ναυτιλιακών κοινοπραξιών και των κάθε μορφής ναυτιλιακών εταιριών, η Ελλάδα παρέβη τις υποχρεώσεις που υπέχει από την οδηγία».
Τα κράτη μέλη είναι υποχρεωμένα να λάβουν τα αναγκαία μέτρα για να θέσουν τέρμα στην παράβαση και να ενημερώσουν κατάλληλα την Επιτροπή. Ωστόσο, μέχρι σήμερα οι ελληνικές αρχές δεν έχουν κοινοποιήσει επίσημα μεταβολές που τυχόν επέφεραν στην επίμαχη νομοθεσία.