Η δημιουργία της Διακλαδικής Οργάνωσης Βάμβακος, σύμφωνα με τις διατάξεις του κανονισμού Ε.Κ. 864/2004, ήταν το θέμα ευρείας σύσκεψης στο υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, υπό τον υφυπουργό Αλέξανδρο Κοντό. Σε πρώτη φάση, οι εμπλεκόμενοι φορές συμφώνησαν μόνο για το καταστατικό.
Η Διακλαδική Οργάνωση έχει ως σκοπό, συνεκτιμώντας τις συνθήκες παραγωγής και εμπορίας στον τομέα του βαμβακιού, να παρέχει συμβουλευτικές υπηρεσίες στους αγρότες. Επίσης, πριμοδοτούνται με ένα ευρώ το στρέμμα επιπλέον της όποιας ενίσχυσης, αν συσταθεί Διεπαγγελματική Οργάνωση.
