Πρόταση για τις αλλαγές που πρέπει να γίνουν στα θέματα διοίκησης της Εκπαίδευσης κατήρτισε το υπουργείο Παιδείας στο πλαίσιο της συνολικής Μεταρρύθμισης της Δημόσιας Διοίκησης και των οργανισμών των υπουργείων.
Σύμφωνα με το υπουργείο, από το 1976 που ψηφίστηκε ο πρώτος σχετικός νόμος μέχρι σήμερα, η δομή της διοίκησης του υπουργείου Παιδείας δεν έχει αλλάξει, με αποτέλεσμα να είναι σήμερα «εξαιρετικά διογκωμένη και δυσλειτουργική».
Η αλλαγή στη δομή διοίκησης κρίνεται, όπως επισημαίνεται σε σχετική απαραίτητη, «ώστε η διοίκηση 15.500 σχολικών μονάδων (νηπιαγωγεία, δημοτικά, γυμνάσια, λύκεια), 41 ΑΕΙ και 60 ερευνητικών κέντρων, εκατοντάδων δομών ιδιωτικής Εκπαίδευσης και διά βίου μάθησης, αλλά και η εποπτεία εκατοντάδων ΝΠΙΔ και ΝΠΔΔ, καθώς και η διοίκηση 230.000 μονίμων δημοσίων υπαλλήλων που υπάγονται άμεσα στο υπουργείο Παιδείας να προσαρμοστεί στο σύγχρονο περιβάλλον διακυβέρνησης».
Η νέα δομή, στην οποία, σύμφωνα με το υπουργείο, περιλαμβάνονται νέες υπηρεσίες με ένα σύγχρονο ρόλο, επιτρέπει την διάχυση επιτελικών αρμοδιοτήτων σε όλες τις Γενικές Διευθύνσεις. Στις νέες υπηρεσίες θα περιλαμβάνονται:
-Η ενιαία Γενική Διεύθυνση Διοικητικών-Οικονομικών Υπηρεσιών που αναλαμβάνει και τον συντονισμό των διαδικασιών κατάρτισης του προϋπολογισμού του υπουργείου με έμφαση στη χρηστή δημοσιονομική διαχείριση .
- Η Διεύθυνση Στρατηγικού Σχεδιασμού και Συντονισμού, για την εκπόνηση στοχοθεσίας και την ενδυνάμωση του ρόλου και της συνεργασίας των υπηρεσιών.
- Το Αυτοτελές Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου, για την ενίσχυση του ελεγκτικού ρόλου του υπουργείου σε διαδικασίες και λειτουργίες.
- Το Τμήμα Τεκμηρίωσης Πολιτικών σε συνεργασία με τις Διευθύνσεις για την υποστήριξη του σχεδιασμού δράσεων και πολιτικών, βάσει δεδομένων (evidence based policy).
- Το Γραφείο Νομοθετικής Πρωτοβουλίας για την ενίσχυση του ρυθμιστικού ρόλου του υπουργείου με την ενσωμάτωση των αρχών και εργαλείων της Καλής Νομοθέτησης.