Σωστικές και συστηματικές ανασκαφικές έρευνες διεξάγονται σε διάφορα σημεία της πόλης των Χανίων, το τελευταίο χρονικό διάστημα, ταυτόχρονα με την έναρξη του έργου της ανάδειξης των τειχών στην Παλιά Πόλη.
Στο λόφο του Καστελλιού, δίπλα στο λιμάνι, οι ανασκαφές στο χώρο της μινωικής εγκατάστασης εμπλουτίζουν με νέο γραπτό υλικό τις γνώσεις μας για τη μινωική εποχή, από την οποία ελάχιστα γραπτά κείμενα έχουν διασωθεί μέχρι τις μέρες μας.
Στο πλαίσιο των εργασιών της ανάδειξης της μινωικής Κυδωνίας, μέσα από χρηματοδότηση του Γ' Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης, θα στεγαστεί η κεντρική ανασκαφή στην Πλατεία Αγίας Αικατερίνης (ελληνοσουηδικές έρευνες) και θα εμπλουτιστεί με υλικό ώστε να διαμορφωθεί ένα είδος «ανοιχτού μουσείου».
Κατά τις φετινές σωστικές εργασίες προετοιμασίας του χώρου ήλθαν στο φως ένας ακέραιος ενεπίγραφος ψευδόστομος αμφορέας με κείμενο στη Γραμμική Β' γραφή (που αντιστοιχεί στη μυκηναϊκή/ πρώτη μορφή της ελληνικής γλώσσας) και δύο τμήματα πήλινων πινακίδων Γραμμικής Α' γραφής (που αντιστοιχεί στη μινωική γλώσσα).
Κατά τη διάρκεια των ελληνικών συστηματικών ανασκαφών στο λόφο, που ξανάρχισαν φέτος, ήρθε στο φως ημιστεγασμένος χώρος για την παρασκευή γευμάτων ή την παραγωγή άλλων προϊόντων.
Ο συγκεκριμένος χώρος διασώζει πολύ έντονα τα ίχνη της φοβερής πυρκαγιάς που κατέστρεψε την πόλη γύρω στο 1450 π.Χ.: κατάμαυρα υπολείμματα ξύλων, κατακόκκινα τεμάχια πλίνθων, στρώσεις αργίλου με έντονες αποχρώσεις της ώχρας.
Στο χώρο του Εθνικού Σταδίου Χανίων, ενόψει της μελέτης για την ανέγερση υπόγειου σταθμού αυτοκινήτων, οι δοκιμαστικές τομές φέρνουν στο φως πλήθος από αρχαίες ταφές μέσα στο παχύ στρώμα από άμμο που καλύπτει όλη την περιοχή.
Μέχρι σήμερα, οι πρώτες έρευνες σε αυτό το ανατολικό νεκροταφείο της Κυδωνίας, αποκαλύπτουν ενταφιασμούς του 4ου κυρίως αιώνα π.Χ. και ρίχνουν φως σε άγνωστες πτυχές της ιστορίας της πόλης. Πολύνεκροι ενταφιασμοί παραπέμπουν σε περιόδους λοιμού ή πολέμου, πολλοί εγχυτρισμοί βρεφών σε πήλινους αμφορείς και κυψέλες υποδηλώνουν το υψηλό ποσοστό παιδικής θνησιμότητας. Σύντομα, αρχίζει η εξέταση του οστεολογικού υλικού.
Σε εκτεταμένο ιδιωτικό οικόπεδο στη δυτική πλευρά του κέντρου της πόλης, επί της οδού Σκαλίδη, έχουν αποκαλυφθεί ευρήματα διαφόρων περιόδων της αρχαιότητας. Ο χώρος κατά ένα τμήμα ήταν νεκροταφείο στα αρχαϊκά, κλασικά και ελληνιστικά χρόνια, αλλά κατά το μεγαλύτερο είχε εργαστηριακές εγκαταστάσεις και απορριμματοφόρους λάκκους που συνήθως χωροθετούνταν στα άκρα των πόλεων.
Μνημειώδης, λαξευτή υπόγεια κατασκευή συνδέεται με κρήνη ή το υδραγωγείο της πόλης. Ξεχωριστό ενδιαφέρον παρουσιάζουν και δύο κεραμικές κάμινοι της εποχής της ρωμαιοκρατίας όπου παράγονταν κυρίως οξυπύθμενοι αμφορείς.
Σε άλλο ιδιωτικό οικόπεδο μπροστά στο πάρκο της Νέας Χώρας, επί της οδού Μελετίου Μεταξάκη, έρχονται στο φως οικιστικά κατάλοιπα διαφόρων φάσεων της εγκατάστασης στο δυτικό άκρο της αρχαίας πόλης, από τον 7ο αι. π.Χ. έως τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας (πρώτοι μεταχριστιανικοί αιώνες).
Υπενθυμίζεται ότι η αρχαία πόλη ονομαζόταν Κυδωνία, τουλάχιστον στα υστερομινωικά και κλασικά χρόνια και αποτελούσε το ισχυρότερο και σημαντικότερο κέντρο της Δυτικής Κρήτης. Η πόλη των Χανίων έχει χαρακτηριστεί ως η πόλη της αρχιτεκτονικής της Μεσογείου.