Στην πρώτη φάση (23, 24 και 25 Οκτωβρίου) θα λάβουν μέρος οι 25 ομάδες της Γ΄ Εθνικής Κατηγορίας και οι 21 της Β΄ Εθνικής Κατηγορίας, ενώ θα διεξαχθούν συνολικά 23 μονοί αγώνες. Η κλήρωση των αγώνων της α΄ φάσης θα διεξαχθεί με δύο κληρωτίδες. Στη μία θα τοποθετηθούν οι ομάδες της Γ΄ Εθνικής Κατηγορίας και στην άλλη οι ομάδες της Β΄ Εθνικής Κατηγορίας. Οι πρώτοι 21 αγώνες θα διεξαχθούν μεταξύ των ομάδων Γ΄ και Β΄ Εθνικής, στην έδρα των ομάδων της Γ΄ Εθνικής. Οι υπόλοιποι 2 αγώνες με τις τελευταίες 4 ομάδες της Γ΄ Εθνικής Κατηγορίας θα διεξαχθούν στην έδρα της ομάδας που θα κληρωθεί πρώτη.
Στη β΄ φάση (30, 31 Οκτωβρίου και 1 Νοεμβρίου) θα συμμετάσχουν οι 23 νικήτριες ομάδες που θα προκύψουν από την α΄ φάση. Οι πρώτες 14 ομάδες που θα κληρωθούν θα αγωνιστούν μεταξύ τους σε 7 μονούς αγώνες, στην έδρα της ομάδας που κληρώνεται πρώτη. Θα προκριθούν οι επτά νικήτριες ομάδες, ενώ οι υπόλοιπες εννέα ομάδες προκρίνονται στην επόμενη φάση χωρίς αγώνα. Στους αγώνες της α΄ και β΄ φάσης, σε περίπτωση ισόπαλου αποτελέσματος στην κανονική διάρκεια, ο νικητής θα αναδεικνύεται με τη διαδικασία ημίωρης παράτασης και εκτέλεσης πέναλτι.
Η γ΄ φάση (28, 29 Νοεμβρίου και 12, 13 Δεκεμβρίου - επαναληπτικοί 19, 20, 22 και 23 Δεκεμβρίου) περιλαμβάνει τις 16 ομάδες που θα προκριθούν από τους αγώνες της β΄ φάσης και τις 16 ομάδες της Σούπερ Λίγκας. Σε κάθε αγώνα θα συμμετέχει μία ομάδα Β΄ ή Γ΄ Εθνικής και μία ομάδα της Σούπερ Λίγκας. Η κλήρωση των αγώνων της γ΄ φάσης θα διεξαχθεί με τρεις κληρωτίδες. Στη μία θα τοποθετηθούν οι νικήτριες ομάδες της β΄ φάσης. Στη δεύτερη κληρωτίδα οι ομάδες της Σούπερ Λίγκας. Στην τρίτη κληρωτίδα θα τοποθετηθούν 32 κλήροι: 16 με την ένδειξη "ομάδα Β΄ ή Γ΄ Εθνικής" και 16 με την ένδειξη "ομάδα Σούπερ Λίγκας". Πριν την κλήρωση, για κάθε ζευγάρι της γ΄ φάσης ο κλήρος της 3ης κληρωτίδας θα καθορίζει τη γηπεδούχο ομάδα της 1ης αγωνιστικής. Θα διεξαχθούν 16 διπλοί αγώνες (εντός και εκτός έδρας).
Στη δ΄ φάση (9, 10, 16, και 17 Ιανουαρίου 2013 - επαναληπτικοί αγώνες: 23, 24, 30 και 31 Ιανουαρίου 2013) θα λάβουν μέρος οι 16 νικήτριες ομάδες, οι οποίες θα αναδειχθούν από τους αγώνες της γ΄ φάσης, σε οκτώ "διπλούς" αγώνες.
