Ευνοημένη στάθηκε η ΑΕΚ από την κλήρωση του Γ' γύρου στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ, όπου θα αντιμετωπίσει την πιο αδύναμη ίσως ομάδα, τη βουλγαρική Λίτεκς Λόβετς.
Ο ΠΑΟΚ θα αντιμετωπίσει την ολλανδική Αϊντχόβεν, την ομάδα που πέρυσι τον απέκλεισε από την ίδια διοργάνωση.
Οι δύο ελληνικές ομάδες κληρώθηκαν να παίξουν τα δύο πρώτα ματς σε Αθήνα και Θεσσαλονίκη αντίστοιχα (22 Νοεμβρίου) και τους επαναληπτικούς στις έδρες των αντιπάλων τους (6 Δεκεμβρίου).
