Την έντονη αντίδραση της ΓΣΕΕ προκάλεσαν δημοσιεύματα για το ύψος και τον τρόπο χρηματοδότησης του Ινστιτούτου Εργασίας (ΙΝΕ/ΓΣΕΕ). Μεταξύ άλλων, η Συνομοσπονδία κάνει λόγο για «παραπλανητικά και ψευδή δημοσιεύματα» και για «ημιμαθείς -ή ακόμα και κακόβουλες "γραφίδες"».
Αφού επισημαίνει ότι πρόκειται για έναν επιστημονικό-ερευνητικό φορέα «ιδιαίτερα καταξιωμένο στη συνείδηση του κόσμου της μισθωτής εργασίας, στις παραγωγικές δυνάμεις του τόπου, αλλά και στην εγχώρια και διεθνή επιστημονική κοινότητα», η Συνομοσπονδία καταγγέλλει όσους δεν διστάζουν -όπως υπογραμμίζει- να λασπολογήσουν εις βάρος του Ινστιτούτου, «με μοναδικό σκοπό αφενός να στρέψουν τον κοινωνικό αυτοματισμό εναντίον του ΙΝΕ-ΓΣΕΕ και κατ’ επέκταση της ΓΣΕΕ, υποβαθμίζοντας τον πολύπλευρο αναπτυξιακό του ρόλο».
Τέλος, η ΓΣΕΕ διευκρινίζει πως η βιωσιμότητα του Ινστιτούτου εξασφαλίζεται χωρίς να επιβαρύνεται ούτε με ένα ευρώ ο κρατικός προϋπολογισμός μέσω του ΛΑΕΚ (Λογαριασμός Απασχόλησης & Επαγγελματικής Κατάρτισης) και του ΕΣΠΑ, διαμηνύοντας ταυτόχρονα σε όσους συνεχίζουν ως «τιμητές των πάντων», «να αναζητούν αναγνωσιμότητα ή ποσοστά τηλεθέασης μέσα από την κατασυκοφάντηση της ΓΣΕΕ και των ερευνητικών της φορέων», ότι επιφυλάσσεται για την άσκηση κάθε νομίμου δικαιώματός της.
