Στο υπουργείο Θαλασσίων Υποθέσεων υπάγεται πλέον το Λιμενικό Σώμα και οι υπηρεσίες τους, σύμφωνα με το επικαιροποιημένο Προεδρικό Διάταγμα που κρίθηκε νόμιμο από το Συμβούλιο της Επικρατείας (ΣτΕ).
Σημειώνεται ότι αφού είχε κατατεθεί στο ΣτΕ το σχέδιο ΠΔ στις 17 Σεπτεμβρίου 2010 διαβιβάστηκε στο δικαστήριο έγγραφο του πρωθυπουργού, το οποίο επέφερε αλλαγές στο αρχικό κείμενο του σχεδίου ΠΔ.
Όπως αναφέρεται στη γνωμοδότηση του ΣτΕ με τις αλλαγές, που επήλθαν στο ΠΔ από το έγγραφο του πρωθυπουργού το Λιμενικό Σώμα και οι υπηρεσίες υπάγονται στο Υπουργείο Θαλασσίων Υποθέσεων.
Με το αρχικό διάταγμα το Λιμενικό Σώμα υπαγόταν μεν στο υπουργείο Προστασίας του Πολίτη, αλλά οι αρμοδιότητές του ήταν μοιρασμένες μεταξύ υπουργείου Θαλασσίων Υποθέσεων και Προστασίας του Πολίτη.
Ακόμη, στη γνωμοδότηση αναφέρεται ότι πρέπει να εξεταστεί εάν πρέπει να μεταφερθεί στο υπουργείο Εργασίας η εποπτεία της Εθνικής Επιτροπής για την κοινωνική ένταξη των μεταναστών, μετά την ανακατανομή των αρμοδιοτήτων, που έγινε στα υπουργεία.
Τέλος, αναφέρεται στη γνωμοδότηση ότι πρέπει να ερευνηθεί το θέμα της μεταφοράς της Γενικής Γραμματείας Μακεδονίας - Θράκης στο Υπουργείο Οικονομίας, καθώς ορισμένες υπηρεσίες της έχουν ήδη μεταφερθεί στο υπουργείο Οικονομικών με προγενέστερο διάταγμα.
