Η Μεσόγειος είναι η πιο υπεραλιευμένη θάλασσα στον κόσμο, με το υψηλότερο ποσοστό πληθυσμών ιχθύων που αλιεύονται πέρα από τη βιωσιμότητά τους, σύμφωνα με πρόσφατη έκθεση του Οργανισμού Τροφίμων και Γεωργίας των Ηνωμένων Εθνών. Η έντονη ανθρώπινη δραστηριότητα καθιστά τα μεσογειακά θαλάσσια οικοσυστήματα μερικά από τα πιο απειλούμενα στον κόσμο.
Από όλες τις ανθρώπινες απειλές για τη Μεσόγειο, η υπεραλίευση, η αλίευση με τράτα βυθού και η πλαστική ρύπανση είναι οι πιο καταστροφικές για τη δημοφιλέστερη θάλασσα του κόσμου.
Περίπου 1.000 με 3.000 τόνοι πλαστικού επιπλέουν στη Μεσόγειο, σύμφωνα με μια μελέτη του 2015 από ερευνητές του Πανεπιστημίου του Κάντιθ στην Ισπανία.
Οι πυκνοκατοικημένες ακτές, η μεγάλη εισροή τουριστών και η αύξηση της κίνησης της ναυτιλίας ευθύνονται για το μεγαλύτερο μέρος των πλαστικών. Το πλαστικό αντιπροσωπεύει έως και το 95% των απορριμμάτων που συλλέγονται στις ακτές, την επιφάνεια του ωκεανού και τον βυθό, σύμφωνα με το Πρόγραμμα των Ηνωμένων Εθνών για το Περιβάλλον.
Η υπεραλίευση στη Μεσόγειο ξεκίνησε τη δεκαετία του '70 με την ανάπτυξη τεχνολογίας που επέτρεπε στα σκάφη να αλιεύουν μακρύτερα, βαθύτερα και σε μεγαλύτερους όγκους. Ως αποτέλεσμα, το 90% των μεσογειακών πληθυσμών ιχθύων αλιεύονται τώρα πέρα από τις επιστημονικές συστάσεις. Τα πλέον εμπορικά είδη, όπως ο βακαλάος και η πεσκαντρίτσα, αλιεύονται δέκα φορές πάνω από τα προτεινόμενα όρια.
Συνολικά, τα μεσογειακά κράτη μέλη της ΕΕ, συμπεριλαμβανομένης της Ελλάδας, αλιεύουν τα περισσότερα ψάρια στην περιοχή και διαθέτουν το μεγαλύτερο και ισχυρότερο στόλο.
Η αλίευση με τράτα βυθού είναι ένα άλλο ευρέως διαδεδομένο πρόβλημα στη Μεσόγειο. Τα εργαλεία που σύρονται στο βυθό, όπως η μηχανότρατα βυθού και η βιντζότρατα, μπορούν να έχουν καταστροφικές επιπτώσεις σε σημαντικά οικοσυστήματα του βυθού, σύμφωνα με την WWF Ελλάδας.
Η αλιεία με τράτα μπορεί να προκαλέσει μη αναστρέψιμες βλάβες σε ευαίσθητα ενδιαιτήματα, όπως κοραλλιογενείς υφάλους, λιβάδια Ποσειδωνίας (θαλάσσιο φυτό που παρέχει περιοχή αναπαραγωγής και καταφύγιο σε πολλούς θαλάσσιους οργανισμούς και συνεισφέρει στην παραγωγή οξυγόνου στη θάλασσα), και στο βένθος (τους οργανισμούς που ζουν επάνω και μέσα στο βυθό), αλλά και στα σφουγγάρια. Η τράτα βυθού είναι υπεύθυνη επίσης για τα μισά παρεμπίπτοντα αλιεύματα παγκοσμίως.
Το 2016, η τράτα βυθού απαγορεύτηκε στο Στενό της Σικελίας, μεταξύ της Μάλτας, της Ιταλίας και της Τυνησίας, και σε μια άλλη περιοχή μεταξύ της Μαγιόρκα και της Μενόρκα στις Βαλεαρίδες Νήσους.
