Αρση της εμπιστοσύνης του Φαναρίου στον Πατριάρχη Ειρηναίο αποτελεί η επιστολή που του απέστειλε τηλεομοιοτυπικώς ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος, καθώς στο κείμενο της επιστολής ο Οικουμενικός Πατριάρχης αποκαλεί τον κ. Ειρηναίο, «Πατριάρχη Ειρηναίο», και όχι Πατριάρχη Ιεροσολύμων.
Απευθυνόμενος στον κ. Ειρηναίο με τον τρόπο που το Οικουμενικό Πατριαρχείο απευθύνεται σε προκαθημένους οι οποίοι έχουν στερηθεί για τον α ή τον β λόγο των διοικητικών τους δικαιωμάτων, ο κ. Βαρθολομαίος εμμέσως πλην σαφώς αποδέχεται την ανάληψη όλων των δικαιοδοσιών του Πατριαρχείου Ιεροσολύμων από την τριμελή επιτροπή που όρισε νωρίτερα η Αγιοταφική Αδελφότης.
Στην επιστολή του του Οικουμενικού Πατριάρχη αναφέρονται τα εξής:
«Παρακαλούμεν αδελφικώς και συνιστώμεν από τού Οικουμενικού Πατριαρχείου καί προσωπικώς όπως πάση θυσία αποφευχθώσι εσπευσμέναι ενέργειαι, αίτινες θα προκαλέσουν μεγάλην ζημίαν εις τους κόλπους της Αγιοταφικής αδελφότητος και της Εκκλησίας εν γένει (...) παρακολουθούντες μετά πολλής ανησυχίας τα της ενεστώσης καταστάσεως του Πατριαρχείου Ιεροσολύμων λόγω της αποκηρύξεως της Υμετέρας Μακαριότητος υπό μεγίστης πλειοψηφίας της Αγιοταφικής Αδελφότητος και πληροφορηθέντες ότι προτίθεσθε όπως προβήτε εις σύγκλησιν μειοψηφίας Ιεράς Συνόδου προς επιβολήν ποινών και εκλογήν νέων Αρχιερέων, θεωρούντες δε τούτο λίαν επικίνδυνον δια την ευστάθειαν και το μέλλον της Σιωνίτιδος Εκκλησίας».
Μετά την παρέμβαση του Οικουμενικού Πατριάρχη Βαρθολομαίου, ο κ. Ειρηναίος ανέβαλε την σύγκληση της Ιεράς Συνόδου του πατριαρχείου Ιεροσολύμων για την επιβολή ποινών και την εκλογή νέων αρχιερέων.
