O Κώστας Φωτάκης έλαβε το Πτυχίο του από το Τμήμα Χημείας του Πανεπιστημίου Αθηνών το 1973 και το Διδακτορικό Δίπλωμα στη Χημειοφυσική (Chemical Physics) από το Πανεπιστημίο του Εδιμβούργου το 1977.
Το 1984 ήλθε ως αναπληρωτής καθηγητής στο Τμήμα Φυσικής του Πανεπιστημίου Κρήτης και το 1989 έγινε καθηγητής. Διετέλεσε Πρόεδρος του Επιστημονικού Συμβουλίου του ΕΚΕΦΕ «Δημόκριτος» (1994-96), Μέλος του Εθνικού Γνωμοδοτικού Συμβουλίου Έρευνας (ΕΓΣΕ) (1997-2001) και Διευθυντής του Ινστιτούτου Ηλεκτρονικής Δομής και Λειζερ (ΙΗΔΛ/ΙΤΕ) από το 1997 έως το 2013.
Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα συμπεριλαμβάνουν την Φωτοφυσική και Φασματοσκοπία Λέιζερ, τα Συστήματα Λέιζερ και τις Εφαρμογές για Επεξεργασία και Ανάλυση υλικών.
