Τα προβλήματα που ανακύπτουν έχουν να κάνουν με τα χρήματα που ζητεί η Ένωση της Football League και με το αίτημα της διοργανώτριας για άνοδο πέντε ομάδων στη μεγάλη κατηγορία την ερχόμενη αγωνιστική περίοδο, που δύσκολα θα αποδεχθεί η Σούπερ Λίγκα.
Ένα τρίτο θέμα αφορά στη γνωμοδότηση του νομικού εκπροσώπου της ΕΠΟ, Θεόδωρου Κουρίδη, που ζήτησε τη συγκατάθεση όλων των ομάδων των επαγγελματικών κατηγοριών για να προχωρήσει η αναδιάρθρωση του πρωταθλήματος και να επανέλθουν σε επαγγελματικές κατηγορίες ο Ηρακλής, η Καβάλα και ο Ολυμπιακός Βόλου.
Η πρόταση είναι δύσκολο να γίνει καθολικά αποδεκτή, αφού υπάρχουν ομάδες που υποβιβάστηκαν από την Ε.Ε.Α., για διάφορες παραβάσεις (πλαστά δελτία, έλλειψη φορολογικής ενημερότητας), όπως οι Εθνικός, Ιωνικός, Καρδίτσα και άλλες ΠΑΕ, που ενδεχομένως θα αντιδράσουν.
Η εισήγηση του προέδρου της ΕΠΟ, Σοφοκλή Πιλάβιου, ήταν πάντως θετική, με τον πρώτο παράγοντα του ελληνικού ποδοσφαίρου να δηλώνει αισιόδοξος για την εξεύρεση λύσης, που θα επιτρέψει στα τρία ιστορικά σωματεία να αγωνιστούν στη Football League. Το πιθανότερο είναι εντός εύλογου χρονικού διαστήματος να πραγματοποιηθεί συνάντηση επί τούτου όλων των εμπλεκόμενων φορέων, δηλαδή της πολιτικής ηγεσίας του αθλητισμού και των ΕΠΟ, Super League, Football League.
Όσον αφορά στη διοργάνωση του Κυπέλλου Ελλάδας, αποφασίστηκε ότι από την 4η φάση και ύστερα το σύστημα διεξαγωγής θα αλλάξει. Οι πρώτες τρεις φάσεις παραμείνουν ως είχαν, αλλά από εκεί και ύστερα, με την είσοδο των ομάδων της Σούπερ Λίγκας, οι αγώνες θα είναι διπλοί. Φέτος η διοργάνωση θα αρχίσει στις 11 Σεπτεμβρίου 2012, ενώ ο τελικός θα διεξαχθεί στις 11 Μαΐου 2013 στο ΟΑΚΑ.
