Όπως συνέβη μέχρι τώρα στη διοργάνωση, έτσι και στην φάση των «16» όλες οι αναμετρήσεις είναι νοκ άουτ και σε όσες δεν αναδειχθεί νικητής στα 90 λεπτά, τότε οι ομάδες θα λύνουν τις διαφορές τους στην παράταση κι αν χρειαστεί στη διαδικασία των πέναλτι.
Εκκρεμεί, τέλος, από το πρωτοβάθμιο πειθαρχικό όργανο της Ομοσπονδίας η απόφαση για την τύχη του αγώνα, Εθνικός Αστέρας-ΠΑΟΚ, που διακόπηκε στο 15΄ λόγω τραυματισμού του βοηθού διαιτητή.
Το πρόγραμμα της 5ης φάσης του κυπέλλου:
11 Ιανουαρίου 2012
Κέρκυρα-Δόξα Δράμας 14:00
ΠΑΣ Γιάννινα-Αστέρας Τρίπολης 16:00
Ολυμπιακός-Θρασύβουλος 19:00
Πανιώνιος-Παναθηναϊκός 21:00
12 Ιανουαρίου
Ατρόμητος-Άρης 20:00
17 Ιανουαρίου
Ξάνθη-Πανσερραϊκός 18:00
18 Ιανουαρίου
Εθνικός Αστέρας ή ΠΑΟΚ-ΑΕΚ Δεν έχει οριστεί
