Σημαντικές αρχαιότητες αποκαλύφθηκαν κατά την εκτέλεση των εργασιών του έργου του Οργανισμού Λιμένος Ηρακλείου «Επισκευή, συντήρηση και διαμόρφωση ανωδομής της χερσαίας ζώνης από την πλατεία 18 ¶γγλων μέχρι το Λιμενικό Περίπτερο», το οποίο αφορά σε εργασίες ανάπλασης του χώρου ανάμεσα στο παράκτιο τείχος του Ηρακλείου και τη Λ. Σοφοκλή Βενιζέλου, περιοχή που είναι γνωστή ως «Μπεντενάκι.
Η ανασκαφή διενεργείται με δαπάνη και συνεργασία του Οργανισμού Λιμένος Ηρακλείου.
Ως σήμερα, η ανασκαφική έρευνα έχει αποκαλύψει ένα κτηριακό σύμπλεγμα με διττό χαρακτήρα, αμυντικό και λατρευτικό. Έχει αποκαλυφθεί τμήμα οχυρωματικού έργου, πιθανώς πύργου, στο οποίο σε δεύτερη φάση προσκολλήθηκε κόγχη ιερού και μετατράπηκε σε εκκλησία. Λόγω της μεγάλης πυκνότητας τάφων στο δάπεδο του ναού (12) και αρκοσολίων (2) στον Βόρειο τοίχο, μπορούμε να εικάσουμε ότι πρόκειται για ταφικό παρεκκλήσι, θεωρία που ενισχύεται από τμήμα της παράστασης της Δευτέρας Παρουσίας. Στην κόγχη του Ιερού διακρίνονται κατά τόπους τμήματα από την παράσταση των Συλλειτουργούντων Ιεραρχών και τμήμα της Βαϊοφόρου στα δυτικά.
Όπως επισημαίνεται σε ανακοίνωση του υπουργείου Πολιτισμού, η αποκάλυψη τοιχογραφιών είναι σημαντική, καθώς πρόκειται για το δεύτερο σύνολο σε αστικό ναό, μαζί με τις τοιχογραφίες του παρακείμενου ναού του Αγίου Πέτρου των Δομινικανών. Τα όρια του συμπλέγματος δεν έχουν ακόμα αποκαλυψθεί στη βόρεια, δυτική και νότια πλευρά του.
Σε μια πρώτη απόπειρα του αποκαλυφθέντος αρχιτεκτονήματος, σε χάρτη του Domenico Rosse da Este του 1567 σημειώνεται ανατολικά του Αγ. Πέτρου και προς το παράκτιο τείχος η St. Catarina ruinata, δηλαδή ήδη κατεστραμμένη το 1567, ενώ σε χάρτη του 1570 δεν σημειώνεται πλέον τίποτα στη θέση αυτή.
Η έρευνα συνεχίζεται και μόνο με την ολοκλήρωσή της, τη συσχέτιση ανασκαφικών δεδομένων, ιστορικών στοιχείων και την ένταξη του μνημείου στην τοπογραφία της περιοχής θα υπάρξει συνολική εκτίμηση του έργου. Ωστόσο, αναμφισβήτητα, τα ως σήμερα αποκαλυφθέντα στοιχεία παρέχουν νέες, σημαντικές πληροφορίες για την πόλη του Ηρακλείου και την οχύρωσή της.