Μετά από 4 χρόνια ο Γιάννης Βονόρτας επέστρεψε και πάλι στον Παναθηναϊκό, αυτή την φορά για ν΄ αναλάβει τα ηνία της (υπό σύσταση) ομάδας Β΄ του συλλόγου, η οποία θα συμμετάσχει στο επόμενο πρωτάθλημα της Super League 2.
Αναλυτικά η ανακοίνωση της «πράσινης» ΠΑΕ:
«Η ΠΑΕ Παναθηναϊκός ανακοινώνει την έναρξη συνεργασίας με τον Γιάννη Βονόρτα. Ο Έλληνας προπονητής επιστρέφει στο Τριφύλλι μετά από τέσσερα χρόνια και αναλαμβάνει προπονητής στη νεοσύστατη ομάδα “Παναθηναϊκός Β’», η οποία θα συμμετάσχει στο πρωτάθλημα της Super League 2».
Λίγο μετά την υπογραφή του συμβολαίου του, ο Γιάννης Βονόρτας μίλησε για το νέο εγχείρημα τονίζοντας:
«Είναι μια φανταστική στιγμή να επιστρέφω στη βάση, έτσι θεωρώ τον Παναθηναϊκό. Είναι πολύ τιμητικό που ο μεγάλος αυτός σύλλογος με επέλεξε για την ιστορική δεύτερη ομάδα του Παναθηναϊκού. Είναι μεγάλη τιμή που ο Γιάννης Αλαφούζος και η διοίκηση με επέλεξαν γι’ αυτή τη θέση. Θα προσπαθήσω να κάνω όσα πρέπει για την ομάδα αυτή ώστε να αποτελέσει τον προθάλαμο για την πρώτη ομάδα. Είναι επαγγελματική ομάδα, θα παίξει στη δεύτερη κατηγορία, άρα είμαστε μια κανονική ομάδα και φοράμε το τριφύλλι στο στήθος. Ο κόσμος ξέρω πάντοτε τι περιμένει από όλες τις ομάδες του Παναθηναϊκού, από την ηλικία των 5 έως τα 55 και την ομάδα των παλαιμάχων. Όλη η κατεύθυνση είναι πάνω στη φιλοσοφία του Παναθηναϊκού.
Στο μυαλό το δικό μου δεν είναι ένα καινούργιο πλάνο. Από το 1980 είχαμε προτείνει να δημιουργηθούν ομάδες Β’ στα πρότυπα του εξωτερικού γιατί βλέπαμε το κενό που υπήρχε. Οργανωτικά έχουν αλλάξει πολύ τα πράγματα σε σχέση με τότε αλλά ο Παναθηναϊκός έχει τη δυνατότητα να οργανώσει την ομάδα όπως πρέπει, ώστε οι ποδοσφαιριστές να αισθάνονται το επαγγελματικό επίπεδο που θα δουλεύουν. Η πρώτη δεξαμενή παικτών για τον καταρτισμό του ρόστερ είναι η ομάδα Νέων και ήδη τα παιδιά αυτά έχουν τη σωστή νοοτροπία γιατί έχουν ανδρωθεί στον Παναθηναϊκό. Υπάρχουν παίκτες που είναι ήδη επαγγελματίες, έχουν ανοίξει τα φτερά τους και έχουν την ευκαιρία να δείξουν τι αξίζουν για να παίξουν στην πρώτη ομάδα. Θα έρθουν και κάποιοι παίκτες με χαρακτηριστικά που θα ελπίζουμε μελλοντικά σε αυτούς να σταθούν στην πρώτη ομάδα. Η δεύτερη κατηγορία είναι σκληρό πρωτάθλημα με ιδιαίτερα χαρακτηριστικά και απαιτήσεις. Αυτή είναι η πρόκληση για τους ποδοσφαιριστές μας. Πολλοί από αυτούς θα πρέπει να πρωταγωνιστήσουν για να κερδίσουν θέση στην πρώτη ομάδα του Παναθηναϊκού».