Eπικίνδυνη και εθνικά επιζήμια χαρακτηρίζει τη Συμφωνία των Πρεσπών το διοικητικό συμβούλιο της Ένωσης Περιφερειών Ελλάδας (ΕΝΠΕ).
Σε απόφαση που έλαβε κατά πλειοψηφία το δ.σ. της ΕΝΠΕ εκφράζει την έντονη αντίθεσή του στη συμφωνία, υπογραμμίζοντας ότι «η ιστορικότητα, η ελληνικότητα και η μοναδικότητα της Μακεδονίας είναι αδιαπραγμάτευτη σήμερα και στο μέλλον».
Σύμφωνα με την απόφαση: «τον λόγο για ένα τόσο σημαντικό εθνικό ζήτημα θα πρέπει να έχει ο ελληνικός λαός».
Τέλος, η Ένωση Περιφερειών Ελλάδας καλεί τα πολιτικά κόμματα και κάθε βουλευτή ξεχωριστά να καταψηφίσει αυτήν τη συμφωνία, οπότε κι αν έρθει στη Βουλή των Ελλήνων προς κύρωση.