Με κινητοποιήσεις προειδοποιεί η Πανελλήνια Ναυτική Ομοσπονδία δηλώνοντας ότι η διατήρηση της αυτοτέλειας και αυτονομίας του ΝΑΤ είναι «αδιαπραγμάτευτη θέση».
Επίσης δεν πρόκειται να συμμετάσχει σε άτυπη επιτροπή που θα προτείνει στον υπουργό Εργασίας Κοινωνικής Ασφάλισης και Αλληλεγγύης τις δραστηριότητες του Ταμείου -στα πλαίσια του Ν.4387/16- και ενεργοποίησης του άρθρου 73 για το νέο ενιαίο ταμείο ( Εθνικό Φορέα Κοινωνικής Ασφάλισης -ΕΦΚΑ).
Σύμφωνα με το άρθρο 73 του νέου νόμου Ν.4387/16 για το νέο ενιαίο ταμείο κοινωνικής ασφάλισης, με απόφαση του Υπουργού Εργασίας καθορίζεται το προσωπικό που παραμένει στο Ν.Α.Τ. για την άσκηση των μη ασφαλιστικών αρμοδιοτήτων των ταμείων αυτών.
Επίσης η διάρθρωση των υπηρεσιών του Ν.Α.Τ, οι αρμοδιότητες των οργανικών του μονάδων, οι κλάδοι από τους οποίους προέρχονται οι προϊστάμενοι αυτών, καθώς και κάθε άλλο θέμα σχετικό με τη λειτουργία του καθορίζονται με κοινή απόφαση των Υπουργών Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης και Εργασίας, Κοινωνικής Ασφάλισης και Κοινωνικής Αλληλεγγύης.
Για τα θέματα υπηρεσιακής κατάστασής τους οι υπάλληλοι που παραμένουν στο Ν.Α.Τ. υπάγονται στο Υπηρεσιακό και Πειθαρχικό Συμβούλιο του Ε.Φ.Κ.Α.
