Μετά από απουσία δύο ετών ο Ολυμπιακός επιστρέφει στο Φάιναλ φορ αλλά δεν κατάφερε να φτάσει στον τελικό. Ηττήθηκε στα ημιτελικά από την Ζαλγκίρις Κάουνας με 97-71 και κέρδισε την Τιμσίστεμ Μπολόνια με 74-63, κατακτώντας την τρίτη θέση στο Μόναχο. EPA
Το 2009 με προπονητή τον Παναγιώτη Γιαννάκη οι «ερυθρόλευκοι» πήραν το εισιτήριο και πάλι για τις τέσσερις καλύτερες ομάδες της Ευρώπης. Εφυγαν όμως από το Βερολίνο τέταρτοι καθώς στον πρώτο ημιτελικό έχασαν από τον «αιώνιο» αντίπαλο Παναθηναϊκό (που αναδείχθηκε πρωταθλητής Ευρώπης εκείνη την χρονιά) ενώ στη μάχη για την τρίτη γνώρισαν και νέα ήττα από την Μπαρτσελόνα αυτή τη φορά με 95-79. ICON PRESS/ΠΑΝΑΓΙΩΤΗΣ ΤΖΑΜΑΡΟΣ
Μετά από δύο τρίτες θέσεις το 1993-94 και 1994-95 ο Παναθηναϊκός του Μπόζινταρ Μάλκοβιτς με τους Γιαννάκη, Γουΐλκινς, Βράνκοβιτς, Αλβέρτη, Παταβούκα, γενικά ένα σύνολο έμπειρων παικτών κατάφερε νε κατακτήσει την Ευρωλίγκα και έγινε έτσι η πρώτη Ελληνική ομάδα που πετυχαίνει κάτι τέτοιο. Στο μεγάλο τελικό της διοργάνωσης που διεξήχθη στο Παρίσι κέρδισε 67-66 την Μπαρτσελόνα. EPA
Ο Παναθηναϊκός από το 2000 διανύει την εποχή Ζέλικο Ομπράντοβιτς. Οι διεθνείς επιτυχίες δεν άργησαν να έρθουν. Ετσι, στις 4 Απριλίου του 2000 μπροστά σε 8.500 θεατές στη Θεσσαλονίκη κατέκτησε τον δεύτερο τίτλο του στην Ευρωλίγκα αφού κέρδισε στον τελικό τη Μακάμπι Τελ-Αβίβ με 73-67. ΑΠΕ-ΜΠΕ
Με την επιστροφή στην Ευρωλίγκα την επόμενη χρονιά ο Παναθηναϊκός κατακτά για μία ακόμη φορά, τρίτη, τον τίτλο του πρωταθλητής Ευρώπης αφού κέρδισε στον τελικό που διεξήχθη στην Μπολόνια (5 Μαΐου 2002), την ομάδα της Κίντερ με 89-83. EUROKINISSI
Την περίοδο 2004-05, οι «πράσινοι» ξανασυναντούν στα ημιτελικά την Μακάμπι Τελ-Αβίβ και γνωρίζουν την ήττα στον πρώτο ημιτελικό της Μόσχας με 91-82. Στη συνέχεια κέρδισε την ΤΣΣΚΑ Μόσχας που έπαιζε εντός έδρας και κατέλαβαν την τρίτη θέση στην διοργάνωση.
Και πάλι μετά από δύο χρόνια η ομάδα του Ζέλικο Ομπράντοβιτς επέστρεψε στην κορυφή του Ευρωπαϊκού μπάσκετ κερδίζοντας πέρυσι στο μεγάλο τελικό της Βαρκελώνης τη Μακάμπι Τελ-Αβίβ με 78-70, παίρνοντας έτσι μία άτυπη εκδίκηση για την ήττα στα ημιτελικά του 2005.