Την ημέρα των 39ων γενεθλίων του επέλεξε ο Ζουνίνιο Περναμπουκάνο για να ανακοινώσει την αποχώρησή του από την ενεργό δράση, την οποία γνωστοποίησε η τελευταία ομάδα του, η Βάσκο ντα Γκάμα.
Την ημέρα των 39ων γενεθλίων του επέλεξε ο Ζουνίνιο Περναμπουκάνο για να ανακοινώσει την αποχώρησή του από την ενεργό δράση, την οποία γνωστοποίησε η τελευταία ομάδα του, η Βάσκο ντα Γκάμα.
Ο άλλοτε διεθνής μέσος θα πει το «αντίο» σε συνέντευξη Τύπου που θα παραχωρήσει τη Δευτέρα, ενώ ο πρόεδρος του συλλόγου, Ρομπέρτο Ντιναμίτε, άφησε να εννοηθεί ότι ίσως ο Ζουνίνιο παραμείνει στο σύλλογο σε άλλη θέση.
Ο Ζουνίνιο ξεκίνησε την καριέρα του από τη Σπορτ Ρεσίφε, αλλά έκανε το άλμα στη Βάσκο ντα Γκάμα, με την οποία αγωνίστηκε από το 1995 έως το 2001 κατορθώνοντας μάλιστα να γίνει και διεθνής.
Το καλοκαίρι του 2001 μεταγράφηκε στη Λιόν και έγινε συνώνυμο της «αυτοκρατορίας» που δημιούργησε η Ολιμπίκ στο γαλλικό ποδόσφαιρο, κατακτώντας επτά διαδοχικά πρωταθλήματα στα οκτώ χρόνια που παρέμεινε ο Βραζιλιάνος στο «Ζερλάν».
Ο Ζουνίνιο πέτυχε συνολικά 100 γκολ με τη φανέλα των «λιονέ», πολλά εκ των οποίων με χτυπήματα φάουλ που ήταν το «σήμα κατατεθέν» το οποίο τον έκανε γνωστό σε όλη την Ευρώπη.
Από τη Λιόν αποχώρησε το 2009, με προορισμό την Αλ Γκαράφα του Κατάρ και στη συνέχεια επέστρεψε για να κλείσει την καριέρα του στη Βάσκο ντα Γκάμα, κάνοντας ενδιάμεσα και ένα μικρό πέρασμα από το επαγγελματικό πρωτάθλημα των ΗΠΑ, με τη φανέλα των Ρεντ Μπουλς της Νέας Υόρκης.
Σκόπευε να συνεχίσει ως το τέλος της φετινής περιόδου, αλλά ένας τραυματισμός τον περασμένο Νοέμβριο τον ανάγκασε να επισπεύσει την αποχώρησή του. Στη διάρκεια της καριέρας του ο Ζουνίνιο φόρεσε 40 φορές τη φανέλα της εθνικής Βραζιλίας (6 γκολ) και ήταν μέλος της ομάδας που κατέκτησε το Κύπελλο Συνομοσπονδιών του 2005, στη Γερμανία.