Οι Ταξιαρχίες των Μαρτύρων του Αλ Ακσα είναι αντίθετες με την υποψηφιότητα του Μαχμούντ Αμπάς στις παλαιστινιακές προεδρικές εκλογές που θα διεξαχθούν στις 9 Ιανουαρίου 2005, και υποστηρίζουν τον Μαρουάν Μπαργούτι, ο οποίος κρατείται σε ισραηλινή φυλακή.
Ωστόσο, ένα σημαντικό στέλεχος της οργάνωσης, ο Ζακάρια Ζουμπέιντι, δήλωσε ότι αρνείται να υποστηρίξει τον Μπαργούτι, με το αιτιολογικό ότι το κίνημα δεν πρέπει να παίρνει πολιτικές θέσεις. «Οποιος και αν είναι ο πρόεδρός μας, θα μας εκπροσωπεί».
Μια τελευταία σφυγμομέτρηση που έγινε τον Οκτώβριο έδειξε ότι ο Μαρουάν Μπαργούτι είναι φαβορί για να τεθεί επικεφαλής της Παλαιστινιακής Αρχής, στη μετά Αραφάτ εποχή.