Η έλλειψη εμπιστοσύνης των ανθρώπων της Yamaha προς το πρόσωπό του ήταν η αιτία φυγής του Μπεν Σπις από την Ιαπωνική εργοστασιακή ομάδα.
Αυτό αποκάλυψε ο Αμερικανός αναβάτης, ο οποίος τόνισε ότι ενημερώθηκε για αυτό από έναν υπάλληλο της Yamaha, πολύ νωρίς, μόλις μετά τον αγώνα στο Μουζτέλο, στις 2 Ιουνίου.
Σε άρθρο του στο Αμερικάνικο περιοδικό Cycle World, ανέφερε πως η ρήξη επήλθε κατά την διάρκεια των δοκιμών που έκανε η Ιαπωνική ομάδα στην Ιταλική πίστα, όπου εκείνος όμως, δε συμμετείχε λόγω τροφικής δηλητηρίασης.
«Η Yamaha παρέμεινε και έκανε δοκιμές την επόμενη ημέρα, αλλά εγώ δεν συμμετείχα. Δε μπορούσα να οδηγήσω, δε μπορούσα να κουνηθώ, δε μπορούσα να κάνω ο,τιδήποτε. Ενας ανώτερος υπάλληλος της Yamaha – τόσο συγκεκριμένος θα είμαι – μου είπε ότι 'έχουμε επενδύσει πολλά χρήματα πάνω σου. Μην έρθεις στη Λαγκούνα Σέκα αν δεν είσαι 100% έτοιμος'. Τότε, πρόσθεσε: ‘χάσαμε την εμπιστοσύνη μας προς εσένα’.
Αυτή ήταν η στιγμή που αποφάσισα ότι δεν θα αγωνιστώ με την Yamaha το 2013. Εχω αρκετούς καλούς φίλους στην Yamaha, αλλά όταν κάποιος σε υποτιμά έτσι, χάνεις το σεβασμό σου προς εκείνους», ανέφερε ο Σπις.
Επειτα από αυτό το γεγονός, ο Αμερικανός αναβάτης έκανε γνωστή στα τέλη Ιουλίου, μέσω του λογαριασμού του στο Tweeter, την αποχώρησή του από την ομάδα. Η αλήθεια είναι ότι φέτος δεν ήταν και η καλύτερη χρονιά για αυτόν. Μόλις και μετά βίας κατέφερε να ανέβει στη δέκατη θέση της γενικής κατάταξης, χωρίς να μπορέσει να βρεθεί καθόλου στο βάθρο.
Τα πολλά τεχνικά προβλήματα, οι πτώσεις αλλά και οι τραυματισμοί τον άφησαν πολύ πίσω σε σχέση όχι μόνο με τον teammate του (και παγκόσμιο πρωταθλητή) Χόρχε Λορένθο αλλά και τους υπόλοιπους αναβάτες.
Παρά το δυσοίωνο 2012, ο 28χρονος αποφάσισε να γυρίσει σελίδα και να συνεχίσει την προσπάθειά του στο Παγκόσμιο πρωτάθλημα MotoGP. Ετσι, συμφώνησε για φέτος με τη δορυφορική ομάδα της Ducati, Pramac Racing, αν και όπως ανέφερε, σκέφτηκε την επιστροφή του στα Superbikes. Θεωρεί, ωστόσο, ότι έχει να δώσει ακόμη πολλά στα MotoGP για αυτό τον λόγο αποφάσισε να παραμείνει.
«Μετά το πρόβλημα στον κινητήρα ενώ ήμουν δεύτερος στην Ιντιανάπολη, σκέφτηκα ότι θέλω να φύγω από το MotoGP. Ξεκίνησα να παρακολουθώ τα Superbikes. Αυτό το πρωτάθλημα ήταν εξαιρετικό για μένα το 2009 και ο πρώην επικεφαλής, Πάολο Σιαμπάτι είναι καλός μου φίλος. Θα ήθελε πολύ να με δει να επιστρέφω. Μπορεί και να το κάνω κάποια ημέρα. Το σκέφτηκα αρκετά και τελικά έβγαλα το συμπέρασμα ότι δεν έχω δείξει τις ικανότητές μου στο MotoGP. Γιατί συμβαίνει αυτό, δεν ξέρω. Δεν θα πω ότι μπορώ να κερδίσω πολλούς αγώνες ή το πρωτάθλημα, αλλά δεν θέλω να αποχωρήσω και σε πέντε χρόνια να λέω ‘θα μπορούσα να είχα κάνει αυτό ή εκείνο’».