Ποινική δίωξη για υπεξαίρεση και απιστία άσκησε η Εισαγγελία Πρωτοδικών Θεσσαλονίκης σε βάρος του πρώην προέδρου και διευθύνοντος συμβούλου της ΠΑΕ ΠΑΟΚ, Θεόδωρου Ζαγοράκη και του πρώην αντιπροέδρου και μετόχου, Ηλία Βιολίδη.
Η υπόθεση αφορά οικονομικές ατασθαλίες στα ταμεία του συλλόγου, κατά την παρουσία των δύο ανδρών στην ηγεσία της ΠΑΕ. Η διερεύνηση για τα οικονομικά πεπραγμένα των άλλοτε ισχυρών ανδρών της ΠΑΕ ξεκίνησε μετά από έλεγχο εταιρίας ορκωτών λογιστών. Με βάση την πορισματική έκθεση που συνέταξαν οι ορκωτοί λογιστές διενεργήθηκε νέος έλεγχος, αυτή τη φορά από το ΣΔΟΕ, τα συμπεράσματα του οποίου διαβιβάστηκαν στην Εισαγγελία Πρωτοδικών Θεσσαλονίκης.
Ο εισαγγελέας Πλημμελειοδικών Θεσσαλονίκης, αρμόδιος για οικονομικά εγκλήματα, Λάμπρος Τσόγκας, απήγγειλε κατηγορίες σε βαθμό κακουργήματος σε βάρος τόσο του Θ. Ζαγοράκη όσο και του Ηλ. Βιολίδη, ενώ για την ποινική διερεύνηση της υπόθεσης θα διενεργηθεί κύρια ανάκριση. Σύμφωνα με το πόρισμα του ΣΔΟΕ προκύπτουν αδιαφανείς διαδικασίες σχετικά με το καθεστώς οικονομικής διευκόλυνσης που είχε καθιερωθεί με τις επιταγές του Ηλία Βιολίδη, με συνέπεια να επωφελείται ο επιχειρηματίας και να ζημιώνεται η ΠΑΕ ΠΑΟΚ.
«Από τον έλεγχό μας διαπιστώσαμε ότι η ΠΑΕ ΠΑΟΚ μεταβίβαζε τις επιταγές του κ. Ηλία Βιολίδη σε διάφορους πιστωτές της και στη συνέχεια τού επέστρεφε τη χρηματική διευκόλυνση, κυρίως με κατάθεση σε τραπεζικό του λογαριασμό. Για το χρονικό διάστημα της έναρξης των συναλλαγών (22/11/2007) έως και τον Μάιο του 2009, σε γενικές γραμμές και με αποκλίσεις ημερών, τηρούνται οι αποφάσεις του Δ.Σ. της ΠΑΕ ΠΑΟΚ για την επιστροφή τής κάθε χρηματικής εγγύησης. Από τον Μάιο του 2009 και έπειτα δεν εφαρμόζονται οι αποφάσεις του Δ.Σ. της ΠΑΕ ΠΑΟΚ σχετικά με την επιστροφή τής κάθε χρηματικής διευκόλυνσης και τα ποσά καταβάλλονται στον κ. Ηλία Βιολίδη προγενέστερα από τον χρόνο πληρωμής τους. Το συνολικό ποσό το οποίο ο κ. Ηλίας Βιολίδης είχε διευκολύνει οικονομικά την ΠΑΕ ΠΑΟΚ λαμβάνοντας εξ ολοκλήρου την επιστροφή σε τραπεζικό του λογαριασμό, αλλά δεν έχει εξοφλήσει στους πιστωτές τής ΠΑΕ ΠΑΟΚ ανέρχεται σε 752.846,98 ευρώ», αναφέρεται μεταξύ άλλων στο πόρισμα.