Η Ελένη-Μαρία (Μιλένα) Αποστολάκη γεννήθηκε το 1965 στην Αθήνα και σπούδασε Νομική στην Αθήνα.
Κατά τη διάρκεια των μαθητικών της χρόνων δραστηριοποιήθηκε στο μαθητικό κίνημα, ήταν πρόεδρος του μαθητικού συμβουλίου του σχολείου της και εκπρόσωπος στις πανελλήνιες μαθητικές συνδιασκέψεις. Παράλληλα, ασχολήθηκε με τον αθλητισμό και κατέκτησε δύο πανελλήνια σχολικά πρωταθλήματα στο μπάσκετ.
Μετά το τέλος των σπουδών της, άσκησε τη δικηγορία στην Αθήνα και έγινε μέλος της Ενωσης Ασκουμένων και Νέων Δικηγόρων.
Το 1989, μετά από εξετάσεις, εντάχθηκε στη Νομική Υπηρεσία της Ολυμπιακής Αεροπορίας και αργότερα εργάστηκε σε μεγάλη δικηγορική εταιρία στην Ουάσινγκτον σε θέματα διεθνών συμβάσεων και αεροπορικού δικαίου.
Το διάστημα 1993-1995 υπηρέτησε στο νομικό γραφείο του τότε πρωθυπουργού Ανδρέα Παπανδρέου και παράλληλα κατείχε τη θέση της γραμματέως στο συντονιστικό διυπουργικό όργανο ''Επιτροπή Μεγάλων Έργων''.
Από το 1995 μέχρι το 2000 ήταν σύμβουλος του υπουργού Ανάπτυξης Ευάγγελου Βενιζέλου και μετά την ανάθεση της Ολυμπιάδας του 2004 στην Αθήνα ανέλαβε υπεύθυνη του υπουργείου στον τομέα αυτό.
Είναι μέλος του Τομέα Οργανωτικού του ΠΑΣΟΚ με αντικείμενο τις Νομαρχιακές Επιτροπές της περιφέρειας Β' Αθήνας.
Τον Απρίλιο του 2000 εξελέγη για πρώτη φορά βουλευτής Β' Αθήνας με το ψηφοδέλτιο του ΠΑΣΟΚ, αλλά τον Σεπτέμβριο του ίδιου χρόνου, με απόφαση του εκλογοδικείου, έχασε την έδρα της λόγω κωλύματος εκλογιμότητας.
Ανέλαβε για πρώτη φορά κυβερνητικό αξίωμα ως υφυπουργός Ανάπτυξης στην κυβέρνηση του Κωνσταντίνου Σημίτη τον Απρίλιο του 2000.
Στις 14 Οκτωβρίου του 2001, στο 6ο συνέδριο του ΠΑΣΟΚ, εξελέγη για πρώτη φορά μέλος της Κεντρικής Επιτροπής του κόμματος και στις 22 του ίδιου μήνα εξελέγη για πρώτη φορά μέλος του Εκτελεστικού Γραφείου του κόμματος.
Στις 3 Ιουλίου του 2003 επανεξελέγη από την Κεντρική Επιτροπή μέλος του Εκτελεστικού Γραφείου.
Τον Μάρτιο του 2005 εξελέγη μέλος του νεοσύστατου Πολιτικού Συμβουλίου του ΠΑΣΟΚ.