Ο Χρήστος Αηδόνης γεννήθηκε το 1963 στον Βώλακα της Δράμας, σπούδασε στην Γυμναστική Ακαδημία και έκανε μεταπτυχιακές σπουδές στην Οργάνωση και Διοίκηση.
Το 1980 εντάχθηκε στη Νεολαία ΠΑΣΟΚ.
Το 1987 οργανώθηκε στην Α΄ Νομαρχιακή Επιτροπή Αθήνας του ΠΑΣΟΚ, της οποίας διετέλεσε Β' και στη συνέχεια Α' γραμματέας.
Από το 1987 μέχρι το 1990 εργάστηκε ως αναπληρωτής καθηγητής και το 1990 διορίστηκε στη δευτεροβάθμια εκπαίδευση.
Την περίοδο 1990-1996 ήταν αναπληρωτής γραμματέας του Τομέα Κινητοποιήσεων και Εκδηλώσεων του Ανδρέα Παπανδρέου.
Το 1999 εξελέγη μέλος της Κεντρικής Επιτροπής του κόμματος. Διετέλεσε μέλος της Γραμματείας του Τομέα Οργανωτικής Πολιτικής, υπεύθυνος για τις περιφέρειες Ανατολικής Μακεδονίας - Θράκης και Βορείου Αιγαίου.
Το διάστημα 2000-2002 χρημάτισε διευθυντής του τότε υπουργού Εμπορικής Ναυτιλίας, Χρήστου Παπουτσή.
Το 2004 εξελέγη για πρώτη φορά βουλευτής Δράμας με το ψηφοδέλτιο του ΠΑΣΟΚ.
Είναι μέλος της Διαρκούς Επιτροπής Μορφωτικών Υποθέσεων και της Ειδικής Μόνιμης Επιτροπής Περιφερειών της Βουλής.