Τα μαχητικά άρθρα της οδήγησαν στο θάνατό της. Η ρωσίδα δημοσιογράφος Ανα Πολιτκόφσκαγια δολοφονήθηκε στις 7 Οκτωβρίου του 2006 στο σπίτι της στη Μόσχα, ενώ ετοίμαζε άλλο ένα άρθρο για τις ωμότητες των ρωσικών αρχών στην Τσετσενία.
To τελευταίο, ανολοκλήρωτο άρθρο της, στην εφημερίδα της, Novaya Gazeta, περιγράφει λεπτομερώς τους βασανισμούς αμάχων από την τσετσενική αστυνομία. Ενας άνδρας δηλώνει ότι ξυλοκοπήθηκε, υποβλήθηκε σε ηλεκτροσόκ και σχεδόν έπαθε ασφυξία σε ένα κυβερνητικό γραφείο της Τσετσενίας, προτού ομολογήσει φόνους που δεν έχει διαπράξει.
Ενας άλλος Τσετσένος, ονόματι Μπεσλάν Γκαντάγιεφ, λέει ότι εκδιώχθηκε από την Ουκρανία όπου είχε ζητήσει καταφύγιο και παραδόθηκε σε αστυνομικούς στο Γκρόζνι. Αυτοί τον ξυλοκόπησαν, του πέρασαν χειροπέδες και του έκαναν επανειλημμένα ηλεκτροσόκ. Λίγες ώρες αργότερα ο Γκαντάγιεφ «ομολόγησε» ότι είχε λάβει μέρος σε ένοπλη επίθεση σε τράπεζα.
Οπως έγραψε η Πολιτκόφσκαγια: «Όταν οι ανακριτές και οι δικαστές δεν υπηρετούν το νόμο και δεν επιδιώκουν να τιμωρούν τους ενόχους, αλλά υπακούουν σε πολιτικές εντολές και αντιτρομοκρατικές σκοπιμότητες που αρέσουν στο Κρεμλίνο, τότε τα δικαστικά σκάνδαλα πολλαπλασιάζονται».
Η Λίλια Σέβτσοβα είχε πει τότε στους «Τimes» ότι οι ρωσικές αρχές εκμεταλλεύονται μια παράδοση ξενοφοβίας. «Η Ανα σκοτώθηκε σε μια ατμόσφαιρα όπου οι άνθρωποι έχουν αρχίσει να μισούν ο ένας τον άλλο και να ψάχνουν για εχθρούς, ιδιαίτερα στον Καύκασο».
Στις 28 Μαρτίου 2008 ο εκπρόσωπος της γενικής εισαγγελίας της Ρωσίας Βιατσεσλάβ Σμιρνόφ ανακοίνωσε ότι βρέθηκε ο δολοφόνος και καταζητείται, χωρίς να κάνει γνωστή την ταυτότητα του δράστη.
Εννέα άτομα διώκονται ποινικά στην υπόθεση αυτή, μεταξύ των οποίων ο Παβέλ Ριαγκούζοφ, πρώην μέλος της FSB (πρώην KGB).
Ο άνδρας αυτός κατηγορείται ότι έδωσε τη διεύθυνση της Πολιτκόφσκαγια σε έναν πρώην υπεύθυνο της φιλορωσικής τσετσενικής κυβέρνησης.