Τα συλλυπητήριά του για την εκδημία του Πατριάρχη Μόσχας Αλέξιου Β' εξέφρασε το Οικουμενικό Πατριαρχείο.
«Προσευχόμεθα εξ όλης καρδίας υπέρ αναπαύσεως ψυχής αυτού εν χώρα ζώντων και όπως Αρχιποίμην Χριστός αναδείξη άξιο διάδοχο αυτού εις το πηδάλιο της Αγιωτάτης Εκκλησίας υμών», αναφέρει μεταξύ άλλων το συλλυπητήριο μήνυμα, το οποίο υπογράφει ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος.
Ο Αλέξιος είχε επισκεφθεί το Φανάρι τον περασμένο Οκτώβριο, με την ευκαιρία του εορτασμού του έτους 2008 ως έτους του Αποστόλου Παύλου, και συμμετείχε στη Σύναξη των Προκαθημένων των Ορθοδόξων Εκκλησιών στην Κωνσταντινούπολη.