Από τη σεισμική δόνηση έντασης 5,9 Ρίχτερ, που σημειώθηκε την Κυριακή 25/3/2007 δυτικά της Κεφαλονιάς, προκλήθηκαν ρωγμές και ζημιές στο κτήριο και στα εκθέματα του Αρχαιολογικού Μουσείου Αργοστολίου.
Στον προθάλαμο εμφανίζονται τρεις διαμπερείς ρωγμές, ενώ αρχιτεκτονικά μεταλλικά ή ξύλινα στοιχεία , που έχουν προστεθεί μετά το 2000 στα σημεία επαφής τους με τον φέροντα οργανισμό του κτιρίου, εμφανίζουν σημεία αποκόλλησης.
Πολλά από τα εκθέματα μετακινήθηκαν από την θέση τους με αποτέλεσμα να βρεθούν στο δάπεδο. Δύο από αυτά αποκολλήθηκαν, δύο έσπασαν, ενώ έσπασε και μια χάντρα ορείας κρυστάλλου.
Μέχρι να εκτονωθεί η σεισμική δραστηριότητα στο Νομό, το Αρχαιολογικό Μουσείο Αργοστολίου θα παραμείνει κλειστό.