Εντολή να συνεχιστούν οι έρευνες των διωκτικών αρχών στα Ζωνιανά Ρεθύμνου, παρά την αιματηρή ενέδρα κατά των αστυνομικών το πρωί, έδωσε ο εισαγγελέας του Αρείου Πάγου, Γ. Σανιδάς.
Συγκεκριμένα, ο κ. Σανιδάς παρήγγειλε στον εισαγγελέα Εφετών Κρήτης, Γεώργιο Σκλήρη, να επανέλθουν οι αστυνομικές δυνάμεις στα Ζωνιανά και εντός της ημέρας να ολοκληρωθεί η προκαταρκτική έρευνα. Παράλληλα, ο κ. Σανιδάς παρήγγειλε όπως ενεργήσει η αντιεισαγγελέας Πρωτοδικών Ρεθύμνου, Λευκοθέα Τερζητάκου, αυτεπάγγελτη προανάκριση κατά την οποία θα κληθούν φορείς και κάτοικοι της περιοχής προκειμένου να βρεθούν οι πρωταίτιοι των επεισοδίων. Την έρευνα θα εποπτεύει ο εισαγγελέας Εφετών Κρήτης.
Αμέσως μετά την εντολή του εισαγγελέα, μoνάδα των ΕΚΑΜ μεταβαίνει με C 130 στην Κρήτη. Την ίδια ώρα σε εξέλιξη βρίσκεται νέα κινητοποίηση της αστυνομίας, με αποκλεισμό περιοχής γύρω από το χωριό.
Στο Ηράκλειο μεταβαίνει ο αρχηγός της ΕΛ.ΑΣ. αντιστράτηγος, Αναστάσιος Δημοσχάκης, και στον τόπο του συμβάντος ο γενικός επιθεωρητής νοτίου Ελλάδος, αντιστράτηγος Χρήστος Δρακόπουλος για να συντονίσει το έργο των αστυνομικών δυνάμεων.
Η περιοχή του ορεινού Μυλοποτάμου έχει απασχολήσει πολλές φορές τις διωκτικές αρχές, καθώς ακόμα και σε συντονισμένες επιχειρήσεις της αστυνομίας, άγνωστοι δεν δίστασαν να πυροβολήσουν κατά των αστυνομικών.
Ενδεικτικά αναφέρονται δύο περιστατικά, ένα στις 14 Ιουνίου 2006 όταν 7 οχήματα και 25 άνδρες στην προσπάθεια τους να πλησιάσουν φυτείες χασίς που είχε εντοπίσει το ελικόπτερο της ΕΛ.ΑΣ, δέχθηκαν λίγο πριν τα Ζωνιανά καταιγισμό πυρών και ένα πριν από περίπου ένα χρόνο όταν δέχθηκε πυρά ελικόπτερο της ΕΛ.ΑΣ. που επιχειρούσε στην περιοχή για εντοπισμό χασισοφυτειών.
Εξάλλου, η Ένωση Αστυνομικών Υπαλλήλων Νομού Ρεθύμνου έχει αποστείλει επιστολές στις οποίες εκφράζει την ανησυχία της για τα περιστατικά, καθώς και φόβους για απώλειες αστυνομικών.