Κατά τη συζήτηση στην Επιτροπή της πρότασης νόμου του Συνασπισμού για τη «Ρύθμιση σχέσεων Πολιτείας και Εκκλησίας, θρησκευτικές ενώσεις και κατοχύρωση της θρησκευτικής ελευθερίας» ο κοινοβουλευτικός εκπρόσωπός του Φ. Κουβέλης, μεταξύ άλλων, πρότεινε τη λειτουργία των θρησκευτικών ενώσεων με τη μορφή νομικών προσώπων ιδιωτικού δικαίου και έθεσε θέμα ελέγχου της νομιμότητας των πράξεων της Εκκλησίας, την ένταξη στις κοινές πολεοδομικές διατάξεις των ευκτήριων οίκων.
Ζήτησε την φορολόγηση των εισοδημάτων της Εκκλησίας που προέρχονται από εμπορικές δραστηριότητες (ακίνητα, μετοχές κ.λπ.), την μη αναγραφή του θρησκεύματος στην ταυτότητα, την μεταβατική μεταφορά της μισθοδοσίας του κλήρου από το Κράτος στην Εκκλησία με την ταυτόχρονη επιστροφή από το κράτος της εκκλησιαστικής περιουσίας, καθώς και τη δυνατότητα της καύσης των νεκρών για όλους τους πολίτες που εκφράσουν τη βούλησή τους για καύση, την κατάργηση του θρησκευτικού όρκου, και τη διδασκαλία θρησκειολογίας στα σχολεία.