Στην Αθήνα έφθασε με πτήση της Ολυμπιακής μετά τις 2 μ.μ. ο Απόστολος Βαβύλης, ενδεδυμένος με ράσα, συνοδευόμενος από τρεις αστυνομικούς που είχαν μεταβεί την Ιταλία για τη μεταγωγή του. Εν πτήσει ο κυβερνήτης του αεροσκάφους απαγόρευσε κάθε επαφή του κρατούμενου με δημοσιογράφους και επιβάτες.
Ο Βαβύλης οδηγήθηκε στη Γενική Αστυνομική Διεύθυνση Αττικής (ΓΑΔΑ) για λήψη αποτυπωμάτων και φωτογραφιών, ενώ ακολούθως θα εμφανιστεί ενώπιον του εισαγγελέα εκτέλεσης ποινών, και μετά θα οδηγηθεί στις φυλακές Κορυδαλλού.
Ο Βαβύλης είχε συλληφθεί στις 22 Απριλίου 2005 στη Μπολώνια, όπου και εξέτιε επταετή ποινή κάθειρξης για διακίνηση ναρκωτικών. Θα εκτίσει το υπόλοιπο της ποινής του στον Κορυδαλλό, ενώ θα λογοδοτήσει και ενώπιον της ελληνικής Δικαιοσύνης και για άλλες κατηγορίες. Εκτός από τις πλαστογραφίες και τη χρήση πλαστών εγγράφων, σωρεία αδικημάτων, κακουργηματικού και πλημμεληματικού βαθμού, αντιμετωπίζει ο Απόστολος Βαβύλης, με εντυπωσιακότερο αυτό της «παραβίασης μυστικών της Πολιτείας». Οι κατηγορίες αφορούν και την οργάνωση «Magna Graecia», ιδρυτικό πρόσωπο της οποίας φαίνεται ότι είναι μεταξύ άλλων και ο απόστρατος αξιωματικός Γιάννης Tριανταφυλλάκης, συγκατηγορούμενος του Βαβύλη.
Ο Βαβύλης έφυγε από την Ελλάδα με το πλαστό διαβατήριο τα Χριστούγεννα του 2004 για την Ταϊβάν, όπου παρέμεινε μέχρι τις 6 Ιανουαρίου 2005.
Στην Ταϊβάν φιλοξενήθηκε από τον ιεραπόστολο «Ιωνά» (κατά κόσμον Γεώργιο Μούρτο), που πριν από χρόνια είχε πάει μάρτυρας στο Αστυνομικό Τμήμα Καπανδριτίου, για να δηλώσει ότι ο Βαβύλης ονομάζεται Φωκάς και να βγάλει ο τελευταίος αστυνομική ταυτότητα με ψεύτικο όνομα.
Από την Ταϊβάν, ο Βαβύλης πήγε στην Μπαγκόγκ της Ταϊλάνδης και από εκεί αναχώρησε στις 9 Φεβρουαρίου 2005 για την Ιταλία.
Ο εντοπισμός των ιταλικών πόλεων, στις οποίες κυκλοφορούσε, είχε γίνει από την κίνηση του λογαριασμού της πιστωτικής του κάρτας, ενώ ο εντοπισμός του διαμερίσματος, στο οποίο συνελήφθη τον Απρίλιο του 2005, έγινε από τα ηλεκτρονικά ίχνη του φορητού υπολογιστή που είχε πάντα μαζί του.