Σύμφωνα με ανακοίνωση του υπουργείου Δημόσιας Τάξης, «κατόπιν ένορκης διοικητικής εξέτασης που διεξήχθη κατ΄εντολήν του υπουργού Γιωργου Βουλγαράκη, ο διευθυντής της ΕΥΠ, πρέσβης Ιωάννης Κοραντής, διαπίστωσε ότι τα δημοσιευμένα έγγραφα και σειρά άλλων, κατεστράφησαν στις 13 Μαρτίου 2000 υπό συνθήκες που παρεκκλίνουν των διατεταγμένων και ισχυουσών.
Ο διοικητής της ΕΥΠ υπέβαλε στις 9 Μαρτίου 2005 τον φάκελο της ΕΔΕ στον κ. Βουλγαράκη και το πόρισμα απεστάλη στον προϊστάμενο της Εισαγγελίας Αθηνών».
Ερωτηθείς αν η καταστροφή των εγγράφων ήταν σε γνώση της προηγούμενης κυβέρνησης, ο κ.Αντώναρος παρατήρησε ότι «αυτό είναι αντικείμενο έρευνας» και συμπλήρωσε πως ο ίδιος κατέθεσε τα στοιχεία της έρευνας που έχει υποβληθεί στον Εισαγγελέα (ο οποίος και θα διενεργήσει την περαιτέρω διερεύνηση), σημειώνοντας πως ο ίδιος δεν μπορεί να κατηγορήσει ή να καταδικάσει.