Οι αγρότες αγοράζουν ακριβά τον εισαγόμενο βαμβακόσπορο, σε τιμές 5 έως 6 ευρώ/κιλό, ενώ ο ελληνικός βαμβακόσπορος κοστίζει 2 ευρώ/κιλό. Επίσης, υπάρχει σημαντική διαφορά τιμών για τις ίδιες ποικιλίες βαμβακόσπορου, και το ποσοστό συμμετοχής των ελληνικών ποικιλιών στη συνολική αγορά του προϊόντος υποχώρησε σταδιακά από 75% το 1993 σε 5% το 2004.
Αυτά αναφέρθηκαν σε σύσκεψη, υπό τον υφυπουργό Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων Αλέξανδρο Κοντό, και αποφασίστηκε η ενίσχυση της ελληνικής παραγωγής βαμβακόσπορου, και η αναβάθμιση του ΕΘΙΑΓΕ για να στηρίξει
την αύξηση της παραγωγής ελληνικών ποικιλιών και την περαιτέρω βελτίωση των ποιοτικών τους χαρακτηριστικών.