Μέχρι σήμερα, έχουν πραγματοποιηθεί πληρωμές ύψους 51,7 εκατ. ευρώ (δημόσια δαπάνη), ποσό που αντιστοιχεί σε ποσοστό 16,2% του συνολικού προϋπολογισμού του Προγράμματος «Αλιεία 2000-2006», σύμφωνα με τα τελευταία διαθέσιμα στοιχεία, που έδωσε στη δημοσιότητα ο υπουργός Γεωργίας, Γ. Δρυς.
Αν στο παραπάνω ποσοστό υπολογισθεί και η προκαταβολή που έχει εκταμιευθεί από την Ευρωπαϊκή Ενωση (7%) τότε το συνολικό ποσοστό των κονδυλίων που έχουν απορροφηθεί ανέρχεται στο 23,2% της συνολικής δημόσιας δαπάνης των 320 εκατ. ευρώ.
Το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα στοχεύει στη βιώσιμη και ορθολογική εκμετάλλευση των αλιευτικών και των εσωτερικών υδάτινων πόρων, στην ανάπτυξη των νησιωτικών και των εξαρτώμενων από την αλιεία περιοχών και στην αξιοποίηση των αλιευτικών προϊόντων.