Μετά από συνεργασία των υπουργών Μεταφορών και Επικοινωνιών και Εμπορικής Ναυτιλίας κ.κ. Χρίστου Βερελή και Γιώργου Ανωμερίτη, αποφασίσθηκε σειρά παρεμβάσεων για τον Πειραιά, από τις οποίες την πλέον σημαντική αποτελεί η σύνδεση του λιμένα Πειραιά με τον προαστιακό σιδηρόδρομο και το αεροδρόμιο Ελευθέριος Βενιζέλος. Η σύνδεση αυτή είχε ενταχθεί στο Ρυθμιστικό Σχέδιο Αθήνας με αναβάθμιση της γραμμής Πειραιάς (Αγ. Διονύσιος) - Αγ. Ι. Ρέντης - ΣΚΑ (Σιδηροδρομικό Κέντρο Αθηνών) με ολοκλήρωση το 2007.
Με βάση τις νέες αποφάσεις ως τερματικός σταθμός του προαστιακού στον Πειραιά ορίζεται ο σταθμός ΣΠΑΠ στην Ακτή Καλαμισιώτη, δίπλα στον ηλεκτρικό σταθμό του ΗΣΑΠ.
Θα αναβαθμισθεί ο υπάρχων σταθμός ΣΠΑΠ (παλαιό νεοκλασικό και νέες αποβάθρες). Θα συνδεθούν με εναέρια γέφυρα (passage) οι δύο σταθμοί. Θα αναβαθμισθεί ο σιδηροδρομικός διάδρομος Αγ. Ι. Ρέντη - ΣΠΑΠ Πειραιά με κανονική διπλή γραμμή. Ο σταθμός αυτός θα χρησιμοποιείται για τον προαστιακό προς ΣΚΑ, αεροδρόμιο και τα τρένα προς Β. Ελλάδα και Πελοπόννησο. Η διαδρομή της γραμμής προς Αγ. Διονύσιο θα μετατραπεί σε πεζόδρομο και ποδηλατόδρομο. Το νεοκλασσικό κτίριο του ΟΣΕ Αγ. Διονυσίου θα διατηρηθεί με ανάπλαση του περιβάλλοντος χώρου και ενοποίησής του με το αρχαιολογικό πάρκο της Ηετιώνειας ακτής.
Ηδη άρχισαν να εκπονούνται οι σχετικές μελέτες τεχνικών και περιβαλλοντικών όρων με στόχο τη δημοπράτηση των απαιτούμενων έργων στο τέλος του 2002, και την ολοκλήρωση του έργου την άνοιξη του 2004.