Σε απάντησή του προς τον Επίτροπο Περιφερειακής Πολιτικής Μισέλ Μπαρνιέ (ο οποίος είχε επισημάνει τον κίνδυνο απώλειας κοινοτικών κονδυλίων, λόγω έλλειψης σχετικών μελετών και γενικότερα δυσλειτουργιών) ο κ. Σημίτης σε επιστολή του σημειώνει ότι «Από τα μέσα της προηγούμενης δεκαετίας διαπιστώθηκαν προβλήματα και εκπονήθηκε Ειδικό Σχέδιο Δράσης για τον εκσυγχρονισμό του συστήματος παραγωγής των δημοσίων έργων, προκειμένου να μειωθούν οι αποκλίσεις κόστους και ποιότητας ως προς τον αρχικό σχεδιασμό των έργων και να εξασφαλιστεί η επαρκής ωρίμανση πριν απο το στάδιο δημοπράτησης των έργων. Η κυβέρνηση προώθησε σχετικά ένα εκτεταμμένο πλέγμα μεταρρυθμίσεων και ενημέρωσε εγκαίρως την Ευρωπαϊκή Επιτροπή.
Με τις πρωτοβουλίες αυτές πρώτον καταπολεμήθηκε αποτελεσματικά το φαινόμενο των υπερβολικών εκπτώσεων στην ανάθεση των έργων, δεύτερον περιορίστηκε δραστικά η απόκλιση κόστους ανάμεσα στον αρχικό σχεδιασμό και την εκτέλεση και τρίτον βελτιώθηκε θεαματικά η ποιότητα των έργων, όπως αποδεικνύεται και απο τις σχετικές εκθέσεις».
Αναφορικά με τα τρία έργα των σιδηροδρόμων (που μνημονεύονται στην επιστολή Μπαρνιέ), ο πρωθυπουργός σημειώνει ότι αυτά είχαν ξεκινήσει σε περίοδο προγενέστερη των μεταρρυθμίσεων, οι οποίες όταν θεσπίστηκαν «έφεραν θετικά αποτελέσματα και στον τομέα των σιδηροδρόμων».
Ενδεικτικά ο πρωθυπουργός αναφέρει ότι όπως πιστοποιούν οι υπηρεσίες της Κομισιόν «φαίνεται ότι δεν έχουν εντοπιστεί ελλείψεις ή αστοχίες μελετών μετά το '97». Ως εκ τούτου, υπογραμμίζει ο κ. Σημίτης, η υπενθύμιση προβλημάτων που είχαν εκδηλωθεί προ ετών και ήδη έχουν αντιμετωπιστεί, «δεν μπορεί με κανένα τρόπο να οδηγεί σε γενίκευση συμπερασμάτων για την αξιοπιστία των νέων δομών του Κοινοτικού Πλαιστίου Στήριξης. Η ελληνική κυβέρνηση έχει αναλάβει πλήρως τη χρηματοδότηση του Β' ΚΠΣ, αναλαμβάνοντας το κόστος των όποιων αστοχιών της προηγούμενης κυβέρνησης».
Εξάλλου, σημειώνεται, ενόψει του κλεισίματος του Β' ΚΠΣ αναμένεται σύντομα η καταβολή της αναλογούσας κοινοτικής συμμετοχής για την αποπληρωμή του προγράμματος. Παραπέμποντας σε σχετικές αναλυτικές επιστολές που θα αποστείλουν οι υπουργοί Νίκος Χριστοδουλάκης και Χρίστος Βερελής, ο πρωθυπουργός υπογραμμίζει στον κ. Μπαρνιέ την «κρίσιμη σημασία» που έχει η αποπληρωμή του προγράμματος, καθώς αυτή «καθορίζει τη δυνατότητα ανταπόκρισης της Ελλάδας στις δημοσιονομικές δεσμεύσεις του Συμφώνου Σταθερότητας και Ανάπτυξης».