Διευκρινήσεις σχετικά με το καθεστώς βάμβακος έτους 2006 και το πρόγραμμα νιτρορρύπανσης έδωσε ο Γενικός Γραμματέας του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων Κώστας Σκιαδάς.
Με την υπ’ αριθμ. 34395/28-2-2006 ΚΥΑ «Μέτρα εφαρμογής του ειδικού καθεστώτος ενίσχυσης για το βαμβάκι στο πλαίσιο της νέας ΚΑΠ» και ειδικά το άρθρο 2 αυτής που αφορά στην έγκριση των γεωργικών γαιών για την παραγωγή βαμβακιού, δεν εισάγονται επιπλέον περιορισμοί για την καλλιέργεια του βαμβακιού έτους 2006. Απλώς αναφέρεται ότι ισχύουν και για το βαμβάκι, όπως και για τις άλλες καλλιέργειες (καλαμπόκι, τεύτλα, τομάτα) οι όροι και οι περιορισμοί του ειδικού επιδοτούμενου προαιρετικού προγράμματος μείωσης της νιτρορρύπανσης γεωργικής προέλευσης.
Τέλος, όσον αφορά την έκταση που δεν έχει ενταχθεί στο πρόγραμμα νιτρορρύπανσης δεν υπάρχει υποχρέωση τήρησης του 25% της αμειψισποράς και κατά συνέπεια ο γεωργός - κάτοχος της έκτασης μπορεί να καλλιεργήσει αυτή με βαμβάκι και να τύχει της ειδικής (συνδεδεμένης) ενίσχυσης. Την ειδική ενίσχυση για το βαμβάκι τη δικαιούται ο παραγωγός και για την έκταση που εντάσσει στο πρόγραμμα νιτρορρύπανσης και την καλλιεργεί με βαμβάκι.