Σε εμπορική συνεργασία προχώρησαν πρόσφατα η Aegean Airlines και o πορτογαλικός αερομεταφορέας TAP Portugal, μέλος της Star Alliance, στις γραμμές Αθήνα – Λισαβόνα και Θεσσαλονίκη - Λισαβόνα.
Όπως αναφέρεται σε σχετική ανακοίνωση, οι δύο εταιρείες από τις 26 Μαρτίου 2006 προσφέρουν πτήσεις με κοινό κωδικό στo πλαίσιο των δικτύων τους, που σημαίνει ότι οι πτήσεις και των δύο εταιρειών θα μπορούν να συνδυαστούν, ενώ οι κρατήσεις θα γίνονται μέσω παγκοσμίων συστημάτων κρατήσεων και θα εκδίδονται σε ένα εισιτήριο, είτε από την Aegean είτε από την TAP.
Μέσω της συνεργασίας αυτής τόσο η ΤΑP όσο και η Aegean αποκτούν τη δυνατότητα να χρησιμοποιούν κοινούς κωδικούς για πτήσεις μεταξύ επιλεγμένων Ευρωπαϊκών προορισμών και στις πόλεις της Λισαβόνας, της Αθήνας και της Θεσσαλονίκης, μέσω Ρώμης, Μονάχου και Φρανκφούρτης βελτιώνοντας έτσι τις παρεχόμενες προς το επιβατικό τους κοινό υπηρεσίες.